>Phytophthora_infestans_RNA_virus_1|NC_013220.1
ESR--------E-------KY-RRVNPT-L-AMK-LAQ--LL-RYDNEF-L-------LE-SNVAEALK--------E----S-VE---EVLE-----E-V-FSN-P-S-------FEEVKIELNGRLNSGMAMFDDINVNGSSAAGY-PYPAGVKRRDVLEE----------AK---ASAYD--L---YNDSDLF--E----G--Y---M--SD-HRW-YT-TGR---------------------------AK--LVK--M---------------------------------------------------------------------------------------------------------------G-K-PD-----KARLV---LYSGFSYS--------LLGFVY-S-----------QVWTG-FMNRQCRGW----S----A---------------VGMSWM----NGGAAKVASFFEDCF----G-I-AV----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------S---G---FEY-----MTLDVAEWDSSVCRE-----L------------L-H-A-CK---RF-HM------------------RVL-ERTLSPEN--A--R--Y------------------------KE----YFGRI--Y---DE---------MIEAKV---------------VLPG----------GHSF-RLHHG--MKSGWIMT-ANDNTLMHEFV----VR-TL------------------------------Q-K-I-GQ-IP-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------DMKRQLYGDDN-LSRK-PI--G-MS-K-Q------------------------LL------V-DGYG---MFGFR---------------------------------L-------S-HIHVSR-RL-SEV-----DFLSKF---I-----IF--K-D--G---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------FY-F-PWRE---QTETHARLL-MPEEFD-----PNY------------------------RIVPDSRVAAEHL---LGHLLDNPFNA-------------------------------NV-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------RHVCF----------TL---------LEY----------------------------------------IKS-NYGV
>SRAV
YGP-AGD-SR-------------------M-AVL-LAI--AE-RNDSRP-VFDVAAKRMK-MCLK-ALEEI----TGL----I-LRTE-IKAT-----M-A-DKA-M-D-------WWSIISVVNEK----------------ATTGI-ITR-----RRSGQALS-AGYLAI-FG---DRCEI--T---K--EMIV--D----GSDS---G--ET-HVI-NV-FAKRR-------------------------VE--KKK--L---------------------------------------------------------------------------------------------------------------C-N-ITGDECVVTRTI---QANEIDVKMAVAE-AFLVTDKL-L-----------KISRH-KTGVCI-GLNMFCE----Y----------------AEDDL----N-------SL-IRSW------K-EV----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------KQSKE---VWR-----ISLDHSSYDSSQRNWSIETVN------------I-M-R-EK---VI-SG------------------LC------DR-K--NASK--M------------------------KS----YLKRC--Y---KR---------LKFRTM---------------LTAF----------GDMF-AVTGQ--QMSGHATT-SSDNSLKAFMY----AR-CA------------------------------G-E-E-LA-LT--AGIE---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------I--IKGSLKVQGDDT-KFDA-VVPSW-LD-E-D-----DV------KE---------EV------S-LAMK---RLGQNV--------------------------------K-------T-TKIKIT-NWDRGC-----DFLSHWCEVK-----LY--R-I--KA---------------------------------------------------------------------------------------------------------AAE-SWIE--PHW-V-PTRN---KDDILAMSG-TTLKQN-----VSGLSEKR-------------------KKE--VALLAAKA---VSFAILYGSDF-------------------------------FCAMLS-STIC--WGCSKVLSCMGAVNENAKI---KA--S-W--L--PW-LAAQSGIIGDYA---L-DFHKILS-------------------M-H-----------------G--ICRIRENEKAES------W----------V-TLLNDRERKMI---------NRVKTLQRNF--ER-E-FRRVDNWEWSRFNEAFRIEENGRRTGVYEASISKVTRLMTEACASRVSVVPETVAFRPYAELRRRVISEAEEEISYISSGVNIVYVRGCGVEEDVSVAVVENENDGCRLSGREIDTLTSDGVMVKALTAMQCELASGEKVWLVDEVEKALLLEPSSWHIRHIVMGPETSRA--E-----AA-IRNINI----------NRTKSGIEYVSERAARRLPRACDRQDLLEDRVSRIFMDCLWLRRNMMIEDESPYQKL-VILR
>Diatom_colony_associated_ssRNA_virus_1|NC_040589.1
ASV-LPT-SV-S-------FD-VPSQCN-D-AML-FGL--KR-RYDFAA-P------EGTITGFRRTIDFM----SGF----L-IK---KAVD-----Y-N-FLP-V-T-------WDELNLEANRK----------------STVGY-MSK--AASK-RCGQ---L---LD-NE---RSLLDDLM---T--RLKA--D----P--L---D--AN-HVF-HA-SPKVE-------------------------KK--EMK--D---------------------------------------------------------------------------------------------------------------A-F-PM-----VPRLF---MYKSGEVR--LCE-MAMFKRLN-D-----------------FMGKSK-QF----PFSASG---------------DIFDRS----A-------RL-ADIS------K-RF----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------R---H---PRY-----IAIESSKWDGHKSAS-----W------------S-L-V-AR---EI-FA------------------DV------IE-A--G--H--H------------------------EAFQSRYCREV--A----L--------NDALGYV---------------WMAS----------GHFIEFLRGN--QKSGLWDT-SINNKLVNTMI----VIELV------------------------------S-R-A-LR-IPPEYV-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------M--NRVDLLVEGDDG-IIVC-EV--E-DA-E-A-----IM---AM-RN---------AV----------YH---EAGFPQ--------------------------------T-------G-DPRVVS-NI-CET-----MFCSHGVGFT-----I---P-H-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------SIP-V-PVRP---ADEILGRLM-LSLSSG-----PLTWT----------------------WEN--ASRSLSST---ISAAAMFWFLP-------------------------------EIRNLL-SVVK--H----------------LS---PP--D-V--H--IR-A------------------------------------------A-H-----------------P--S---------ER------WKVMNLLGGIDI-QT--FDLSRFV---------KDRFG---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------VEDVSM-VDLCEADRDVI--G------I-NKFRAL----------AT---------LQP----------------------------------------WKVVLPRY
>Bremia_lactucae_associated_ssRNA_virus_1|MN565682.1
--------VM-Q-------FV-VPHQSN-F-AMV-LGL--YK-RYDFVI-N------ESVSDELVGVFEDL----RSY----L-TG---IAKD-----F-D-FHP-L-N-------QEELLNSTNLK----------------STLGY-MTD--FKGIKMKDM---I---LD-HY---DEILK--I---S--ELLV--T----G--G---K--LN-LGY-HA-SPKVE-------------------------KK--EDK--N---------------------------------------------------------------------------------------------------------------V-A-IV-----EPRLF---QYKVGEMR--LAE-MRLTQRMN-F-----------------FLGASH-KF----ICSASG---------------TIFERS----E-------RI-GQFW------D-KL----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------K---N---PAC-----IGCESMKWDGHMSHF-----L------------S-G-L-TR---EL-MV------------------AI------AL-A--G--K--N------------------------GSEFATMAHST--S----Y--------YDVSGLC---------------WMAN----------GLVVEFLKGC--TKSGCWDT-SVKNKLVNFMI----LLSCI------------------------------R-R-V-WPTMTLKTI-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------F--TKFLILIEGDDG-LLVG-EY--D-EV-L-L-----VL---QV-RD---------KV----------YA---ECGFPQ--------------------------------D-------E-TLKPVT-DP-TDI-----TFCSHGIVKE-----L---S-T-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GRW-L-PIRP---IENILGRLL-VPLSNG-----AFELN----------------------VVN--SAKTLSTV---ISSMATFFHLK-------------------------------PVRDLW-YIIR--R----------------VI---PK--S-V--L--PA-S------------------------------------------V-N-----------------P--Q---------ER------WKLAYNLGDFDF-LR--FDADKFA---------SEVLG---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TE-IRC-KDLY-VNISVM--E------K-FNFRSF----------AG---------LGN----------------------------------------NDVAVNVL
>Wenling_moray_eel_hepacivirus|MG599990.1
TLG-SMS-AA-Y-------LT-GQKGKI-E-VRE-RQE--KV-TELPKH-P----------IDYVSYLK--------E----R-LK---SASS-----I-P-IPE-R-T-------YEQVIANLPSK----------------FA---------CPYKRQQLY---S---KE-IK---AEVMA--C---Y--ACLL--D----Q---------KE-IRS-YV-MMKNE-------------------------IR--SR-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------L-E-G-TK-----AGRFI---IYPAWQYR--IVE-QMVFGNYD-------------RAAKT-YCGKTY-AA----D----W---------------PTSKRN----A-------WT-ADRR------A-KK---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------LD---N---WVF-----LSLDTGSFDATVQPE-----E------------F-D-F-EL---EL-FK------------------KF------SA-T--D--Q--Q------------------------RE----RMDKL--Y---EL--------VERGGPM---------------MS-L----------GKIV-GYRNC--RGSGTVTT-TIGNCVINHSR----IR-YL------------------------------L-H-K-LG-CE-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------DYAFVVSGDDC-LIHL-PL--D-YA-KQF-----KD---SA-PR---------SF------N-FRDV---TF--------------------------------------------------GL-SP-ENT-----SFCSHYVANG-----LV--Q-D--GD-----------------------------------------------------------------------------------------------------------T-V--K--VIS-Y-CTRY---WNQPCARLT-SEWTDTKFETGGII----------------------------------GRA---LGYLMMCGESP----------------------------IRILCSYLIVNKIC--K----------------MI---EEG-V-D--I--SK-C----------N---I-NC----L-------------------Y-Y-----------------D--N---------KV------T----------I-PV--RKIPEIL---------TGLSE---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------YWNKPI--TYYSADLQRF--C-----EA-LEGHGF----------QS---------CRR----------------------------------------IKK-MLAH
>Hepatitis_C_virus_subtype_2b|AB661375.1
SNS-LMR-FH-N-------KV-YSTTSR-S-ASL-RAK--KV-TFDRVQ-M-------LD-THYDSVLQ--------D----V-KQ---AASK-----V-S-ARL-L-S-------VEEACALTPPH----------------SAKSR-Y-G--FGAKEVRSL---S---RR-AV---NHIRS--V---W--EDLV--E----S--E---Q--SP-IDT-TI-MAKNE-------------------------VF--CID--P------------------------------------------------------------------------------------------------------T------K-G-G-KK-----PARLV---VYPDLGVR--VCE-KMALYDIA-Q-----------KLPMTNSKGQSC-GY----R----R---------------CRASGV----F-------TI-IM----------GN----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------T---M---TCY-----IKALAACKAAGIVDP-----T------------MLV-C-GDDLVDI-GH------------------TC---------F--L--K--A------------------------RT----VIHSL--T---ER--------LYVGGPM---------------TNSK----------GQSC-GYRRC--RASGVFTT-SMGNTMTCYIK----AL-AA------------------------------C-K-A-AG-IV-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------DPTMLVCGDDL-VVIS-ES--Q-GN-E-E-----DE---RN-LR---------AF------T-EAMT---RYSAPP--------------------------------G-------D-LPRPEY-DL-KLI-----TSCSSNVSVA-----LD--S-R--G-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------R--RRY-F-LTRD---PTTPITRAA-WETARH-----SPV----------------------------------NSW---LGNIIQYAPTI-------------------------------WVRMVIMTHFF--S----------------IL---LA--Q-D--T--LN-Q----------N---L-NF----E-------------------M-Y-----------------G--A---------VY------S----------V-NP--LDLPAII---------ERLHG---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------LDAFSL-HTYSPHELSRV--A-----AT-LRKLGA----------PP---------LRA----------------------------------------WKS-RARA
>Norway_rat_hepacivirus_1|NC_025672.1
TFG-LMR-NP-N-------LV-YSTTHA-S-ANE-RVR--KV-TIQRTR-E-------ET-PELRYQIA--------M----A-RA---RVQT-----L-M-ASE-L-T-------LEEALSLTSNT----------------TAKSA-VTG--MTAKDLKSG---K---TE-------IVKT--L---Y--SKLE--E----G--I---Q--SPWNQV-CV-MPKIE-------------------------TF--VET--P------------------------------------------------------------------------------------------------------E------K-K-S-HK-----PARLI---AYPHLEMR--VVE-KMVLGQIG-P-----------KTVKA-VCGDAY-GF----V--------------------TPQERV----R-------KL-VSMW------Q-SK----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------Q---K---PAG-----FTCDTVCFDSTITPA-----D------------V-A-V-ES---SL-YE------------------AA------TT-D--E--R--T------------------------RR----RIRSL--H---DN--------LYAGGPM---------------VM-Q----------GAEV-GYRRC--RASGVFTT-SSSNTMTCFLK----VS-AA------------------------------A-K-A-AG-IA-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------SPSWLICGDDT-VCIF-ES--S-GE-E-T-----DK---QK-CA---------QF------A-VAMK---RMGAPQ--------------------------------G-------E-VPKPYY-HL-ELL-----DSCSSNVSSA-----NT--K-L--G--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------LYY-Y-MTRD---PRIPLARSS-IEGKGY-----NPL----------------------------------GTW---LGYILANYPAV-------------------------------WVCRVLCVQFL--Q----------------QL---LT--Q-E--S--V--K----------E---I-TF----D-------------------W-Y-----------------G--N---------NY------K----------I-PV--AKIPYII---------ESLHG---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------KQCWQI-QAYTPREIQRV--S-----QA-LHDNTI----------RP---------LRY----------------------------------------YKR-AARQ
>Guangxi_houndshark_hepacivirus|MG599998.1
AYY-FGA-NR-G-------RI-YATDPD-R-IAE-RAK--KV-TFDRPE-R-------TEFTELNEMYT--------K----A-HQ---IAST-----L-K-LEP-M-G-------LKEACESVPPH----------------SATSC-VTG--HTAEDVRTM---K---PS-AV---KAIKE--A---T--AALGLPEGNAEL--Q---K--KW-LFT-TI-MPKVE-------------------------WF--VRR--P------------------------------------------------------------------------------------------------------G--------G-S-MK-----PPRLI---MYPPLEVR--VAE-KRFLGNIA-P-----------EVCKA-VMKEAY-GF----D----K---------------TPKERA----T-------FV-VNWW------N-TH----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------K---Q---AVV-----FSADALCFDSQITEE-----D------------M-A-R-EA---EI-FA------------------AA------AK-E--P--A--I------------------------AR----AILEC--H---KR--------LYMSSPI---------------ERPD----------RTVV-GTRNC--RASGVYTT-SAGNTLTAWMK----MR-AG------------------------------L-K-Q-AG-FR-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------DSRLMVCGDDV-IVVA-AS--D-GP-E-I-----DK---AK-AH---------HL------T-ECLG---AMGLVQ--------------------------------G-------S-TIEPQY-DL-ERV-----ATCSNYISVA-----YT--K-T--G-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------E-RPYY-F-LSPD---PTKCLGRCM-VETPQK-----KAL----------------------------------NTW---LSALVMYYPTF-------------------------------FASRVLATAFM--R----------------EL---IK--M-D--V-TGA-T----------V---I-EF----T-------------------Y-N-----------------G--N---------KI------S----------T-PL--RLLPGIL---------VNLHG---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------LDVFSL-KAYSTKHVGDT--I-----AA-LQYLGY----------KP---------LKY----------------------------------------WRA-ETKR
>Possum_hepacivrus|MN635449.1
TSG-LLT-NR-N-------LA-YSTDTT-T-IAP-RAA--KV-TIMRTR-R-------PF-KEYHDVCT--------E----L-IA---KART-----L-R-FPE-W-S-------LDEALAHLSNK----------------TAKSG-VTG--CTAATIKAG---A---TK-------VVME--V---Y--TGLE--T----G--Q-L-P--EPWNQV-NI-MPKQE-------------------------VF--AIR--A------------------------------------------------------------------------------------------------------A------K-P-T-EK-----AARLI---AYPHLETR--IVE-KMVLGEIA-P-----------GVAKG-LLGPAY-GF----Q----Y---------------TPSQRV----E-------RL-LSMW------N-GT----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------R---K---PMG-----FTCDTVCFDSTITPE-----D------------V-V-V-EN---EL-YC------------------AA------AP-S--P--L--T------------------------KV----RIKTL--S---DK--------LYAGGPM---------------LL-Q----------GKYA-GQRQC--RASGVYTT-SSSNTITCYIK----VT-AA------------------------------A-R-K-AG-IK-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------NPTWLICGDDV-VCIC-ES--Q-GM-A-A-----DR---EQ-LQ---------LF------A-AYMK---ELGAPQ--------------------------------G-------E-VPVPAY-SL-ERL-----TSCSSNVSVG-----HA--N-G--R--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------LYH-Y-LTRD---PAIPLARAS-AEGKRF-----NPL----------------------------------GTT---LGYIISNYPAL-------------------------------WVSRLLAVQFV--L----------------NI---LS--Q-D--T--V--E----------A---I-EF----D-------------------W-Y-----------------G--N---------NY------T----------L-PV--KSIPYVV---------EKLHG---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------RDCWSI-DMYTPFEVNRV--G-----RV-LTEMTI----------KP---------MRA----------------------------------------WKR-LGRS
>Hepacivirus_C|JF735124.1
SNS-LIR-HH-N-------LV-YSTSSR-S-AGL-RQK--KV-TFDRMQ-X-------LD-DHYKAVLK--------E----X-RE---LASG-----V-Q-ADL-L-S-------VEEACSLTPPH----------------SARSK-Y-G--YGAKEVRSL---A---RK-AV---NHINS--V---W--EDLL--A----D--T---T--TP-IPT-TI-MAKNE-------------------------VF--SVN--P------------------------------------------------------------------------------------------------------Q------K-G-G-RK-----PARLI---VYPDLSVR--VCE-KRCLYDVI-R-----------KLPEA-IMGPAY-GF----Q----Y---------------SPAQRV----E-------RL-LAMW------R-SK----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------K---T---PLG-----FSYDTRCFDSTVTEQ-----D------------I-R-V-EE---SI-YQ------------------CC------QL-K--P--E--A------------------------RK----AIKAL--T---ER--------LYCGGPM---------------FNSK----------GEKC-GYRRC--RASGVLPT-SFGNTITCYIK----AM-AA------------------------------C-R-A-AK-LQ-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------SPCLLVCGDDL-VVVA-ES--A-GV-N-E-----DR---AA-LR---------AF------T-EAMT---RYSAPP--------------------------------G-------D-EPQPIY-DL-ELI-----TSCSSNVSVA-----HD--S-T--G-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------K--RVY-Y-LTRD---CDIPLARAA-WETARH-----TPV----------------------------------NSW---LGNIIMYAPTL-------------------------------WVRMVLMTHFF--S----------------IL---QA--Q-E--Q--LE-K----------A---L-DF----Q-------------------M-Y-----------------G--A---------TY------S----------V-TP--LDLPAII---------QRLHG---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------LSAFTL-HSYSPHELNRV--A-----GA-LRKLGA----------PP---------LRA----------------------------------------WRH-RARA
>Bat_pegivirus|KC796082.1
GTH-LTC-DT-T-------KV-YVTDPD-R-AAE-RAE--KV-TLWREP-R------KYD-DTYQGVVA--------E----A-LK---AAKS-----T-K-SHG-W-T-------YEEAVQKVRSK----------------ASTGY-GCS--ITVKDLQTP---R------GR---AAVER--M---M--SKIE--R----G---------EE-VPF-TF-MTKRE-------------------------VF--FASQDN------------------------------------------------------------------------------------------------------H------K-G-K-RK-----PPRFI---VYPPLDFR--VAE-KMILGDPG-------------KVAKA-VLGPAY-GF----Q----Y---------------TPNQKV----R-------RL-VDVW------Q-HK----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------Q---H---PRA-----ITVDASCFDSTITEE-----D------------I-N-L-EA---KI-FA------------------AA------SD-R--P--E---------------------------------LVMKL--S----E--------YYAAGPM---------------VSPT----------GVPV-GYRRC--RSSGVLTT-SSGNSITCYLK----VK-AA------------------------------C-I-R-AG-IK-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------EPTFMICGDDC-LIIY-ED--D-GE-D-H-------------CP---------AL------K-SALN---DYGYR-----------------------------------------C-DPQMHA-SL-DTA-----ETCSSYLAEC-----TA--G-D--H-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------K--RHW-F-MSCD---MRKPLARAA-SEYS-------DPI----------------------------------ASA---LGTVLLYPWHP-------------------------------ISRYVLLPHLL--I----------------YA---FRG-G-G--T--VD-E----------L---I-AC----E-------------------V-Q-----------------G--N---------TY------R----------F-PL--KLLPQVL---------VSLHG---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------PDCLRV-LTDSTKTRMES--G-----KA-LRELGM----------RS---------LAY----------------------------------------YRK-RAGT
>Bat_pegivirus|KC796073.1
GTL-VGV-DA-S-------RA-YITDMR-D-VAL-RVE--KV-TRDRTP-L------EPD-SFFRDAYN--------C----A-RA---AAAR-----VHP-NPG-F-S-------YEEAVRRVRPG----------------AAPGH-NVK--LSVADLKTP---Y------GE---ETVRN--C---L--ASIR--E----G------K--DE-HPF-ML-TAKQE-------------------------VF--YQD----------------------------------------------------------------------------------------------------------------K-K-T-RK-----PPRLI---CYPSLEFR--VAE-KMILGDPS-------------RVAKS-IMGKAY-GF----Q----Y---------------TPVQRV----E-------VL-RKMW------A-SK----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------V---R---PGC-----ITVDAICFDSTITPE-----D------------V-D-R-ET---EL-YA------------------LA------SP-D--P--L---------------------------------MVRRL--G----K--------YYAGGPM---------------INRN----------GVTV-GMRAC--RASGVLTT-SSSNSITCYLK----VR-AA------------------------------C-N-K-VG-LR-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GVDLLIHGDDT-LIIY-ER--E-DE-D-P-------------CD---------RL------K-AALA---SYGYP-----------------------------------------C-EPKLHA-SL-DTA-----ESCSAKLAEC-----KAWDRKG--G-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------H--RHW-F-LTTD---FRRVLARAS-AEYG-------DPV----------------------------------ASA---CGYALLYPQHP-------------------------------ITRNLLIPQVV--L----------------GA---FHR-G-G--S--PR-D----------L---V-TC----E-------------------V-A-----------------G--N---------KL------T----------F-PL--RSLPAIL---------VGIHG---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------PDCLRV-ISDSNSVLVET--N-----TA-LQSFGM----------RG---------LSW----------------------------------------HRR-KTAA
>Nanhai_dogfish_shark_hepacivirus|MG599995.1
GYY-LGS-NR-H-------LV-YATRPG-D-LPV-RLA--KV-TRWREA-A-------EKTPEVNKFWQ--------L----A-RR---RASG-----C-K-GSR-M-S-------LEEAVQELPSK----------------SARSC-VTG--ATAIDAKNL---G---KK-FR---QDVEE--A---T--KAVV--E--T-G--D---T--KW-CFT-TM-MPKVE-------------------------WF--PIP--P------------------------------------------------------------------------------------------------------G------K-N-T-RK-----APRAI---MYAPLEVR--VVE-KMLLGKVA-P-----------LAVKA-ALGESY-GF----D----K---------------SPKQRA----E-------CI-LRWW------N-KK----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------N---V---PMI-----FSADALCFDSQITPE-----D------------M-F-E-EA---NV-YC------------------ET------IR-D--Q--S--H------------------------KM----DIFSL--T---RH--------LYAHSPI---------------ARTD----------GEIV-GERHC--RASGTYTT-SSGNTLIAWVK----MC-AA------------------------------M-E-A-VG-IK-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------DFDIMVCGDDC-LVVC-ES--S-GT-E-------DV---QH-LV---------DL------G-HELA---KIGLIQ--------------------------------X-------D-LINPGY-SI-EAV-----AACSTYISVA-----TS--ARD--G-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------A--QHH-F-VSGD---ATKILGRCM-VESKAK-----ECK----------------------------------NTW---LSMIIMYYPTL-------------------------------YASRVIATAWM--E----------------WL---LT--MED--A-CME-S----------P---L-EF----N-------------------Y-Q-----------------G--N---------PI------K----------C-SM--AQLPYVL---------VHLHG---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------EDVFSL-KGYSIKHAADT--V-----AA-LEYLGY----------KK---------VSA----------------------------------------WTK-T--A
>Rodent_hepacivirus|MG600412.1
TFG-IMR-YK-P-------LV-YTTDPN-S-INE-RIR--KV-TIERTR-I-------EF-PELKREIY--------R----A-KQ---KVRD-----L-N-LRE-L-D-------LEEALALTPNK----------------TAKSS-VTG--ATGKSVKAN---P---A--------MVRE--V---Y--NLLS--K----G--Q-I-P--RPWNET-NI-MPKSE-------------------------IF--VKT--V------------------------------------------------------------------------------------------------------E------K-P-T-KK-----PARII---AYPHLEMR--VVE-KMVLGEIG-P-----------TVVKT-VCGDAY-GF----L--------------------SPQERV----Q-------RL-VSMW------N-SK----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------E---A---PCG-----FTCDTTCFDSTITPE-----D------------I-A-A-EC---EI-YE------------------AA------TS-N--P--E--T------------------------KA----RIRTL--H---AD--------LYQGGPM---------------MM-Q----------GAYV-GERHC--RASGVFTT-SSSNTMTCYLK----VS-AA------------------------------A-K-K-AG-IK-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------NPSFLIAGDDC-VCIF-ES--E-M--D-M-----DK---KR-LG---------LF------T-TYMK---QMGAPQ--------------------------------G-------V-VPTPYY-HL-ELL-----DSCSSNVSLA-----QT--Q-S--G--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------QFH-Y-STRD---PRTPLARIS-VEGKGF-----NPL----------------------------------GSM---LGYLLANYPAV-------------------------------WVSRVIAVKFL--Q----------------EL---AV--Q-E--M--P--T----------K---I-TF----D-------------------W-Y-----------------G--N---------NY------T----------V-PV--VKIPYII---------EAIHG---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------KPCWHI-IQYTSREITRT--S-----EA-LRELTI----------RP---------LRF----------------------------------------YKR-VARQ
>GB_virus_C|NC_001710.1
GSL-LVA-DT-T-------KV-YVTNPD-N-VGR-RVD--KV-TFWRAP-R------VHD-KYLVDSIE--------R----A-KR---AAQA-----C-L-SMG-Y-T-------YEEAIRTVRPH----------------AAMGW-GSK--VSVKDLATP---A------GK---MAVHD--R---L--QEIL--E----G---------TP-VPF-TL-TVKKE-------------------------VF--FKD----------------------------------------------------------------------------------------------------------------R-K-E-EK-----APRLI---VFPPLDFR--IAE-KLILGDPG-------------RVAKA-VLGGAY-AF----Q----Y---------------TPNQRV----K-------EM-LKLW------E-SK----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------K---T---PCA-----ICVDATCFDSSITEE-----D------------V-A-L-ET---EL-YA------------------LA------SD-H--P--E---------------------------------WVRAL--G----K--------YYASGTM---------------VTPE----------GVPV-GERYC--RSSGVLTT-SASNCLTCYIK----VK-AA------------------------------C-E-R-VG-LK-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------NVSLLIAGDDC-LIIC-ER--P-VC-D-P-------------SD---------AL------G-RALA---SYGYA-----------------------------------------C-EPSYHA-SL-DTA-----PFCSTWLAEC-----NA----D--G-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------K--RHF-F-LTTD---FRRPLARMS-SEYS-------DPM----------------------------------ASA---IGYILLYPWHP-------------------------------ITRWVIIPHVL--T----------------CA---FRG-G-G--T--PS-D----------P---V-WC----Q-------------------V-H-----------------G--N---------YY------K----------F-PL--DKLPNII---------VALHG---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------PAALRV-TADTTKTKMEA--G-----KV-LSDLKL----------PG---------LAV----------------------------------------HRK-KAGA
>Hepacivirus_C|MH477421.1
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>Hepacivirus_C|KX107879.1
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>Hepacivirus_P|NC_040815.1
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>Pegivirus_I|NC_038437.1
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>Hepacivirus_C|KX172138.1
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>Hainan_oriental_leaf_toed_gecko_hepacivirus|MG599989.1
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>Hepacivirus_C|KM504121.1
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>Bat_pegivirus|KC796075.1
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>Hepacivirus_C|KY608617.1
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>Hepacivirus_I|NC_038428.1
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>Hepacivirus_C|MK328016.1
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>Hepacivirus_J|NC_038429.1
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>Pegivirus_A|U22303.1
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>Hepacivirus_C|MG453397.1
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>Dolphin_pegivirus|MK059751.1
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>Guangxi_chinese_leopard_gecko_hepacivirus|MG599988.1
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>Hepacivirus_C|KX107888.1
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>Hepatitis_C_virus_subtype_4a|DQ516084.1
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>Norway_rat_hepacivirus_2|NC_025673.1
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>Nanhai_ghost_shark_hepacivirus_2|MG599997.1
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>Sifaka_hepacivirus|MH824541.1
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>Hepacivirus_sp|MG334001.1
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>Hepacivirus_C|KM349851.1
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>Hepacivirus_C|MK291242.1
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>Hepacivirus_C|MG454216.1
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>Bat_hepacivirus|NC_031947.1
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>Rodent_hepacvirus|KY370091.1
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>Hepacivirus_C|MG453427.1
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>Hepacivirus_C|KY608615.1
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>Jogalong_virus|MN133813.1
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>Hepacivirus_C|KY608629.1
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>Hepacivirus_C|MG453508.1
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>Sifaka_hepacivirus|MH824543.1
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>Rodent_hepacivirus|MG822666.1
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>Hepacivirus_C|KX092342.1
SNT-MLR-HH-N-------MI-YCTTTR-S-ASQ-RAK--KV-TFDRLQ-V-------VD-QYYQSVCA--------E----V-KA---RAST-----V-E-AKL-L-T-------LEDACALTPPH----------------SARSK-F-G--YGAKDVRAG---S---AK-AL---KHIKG--V---W--ADLL--D----D--S---T--TP-IPT-TI-MAKNE-------------------------VF--CXD--P------------------------------------------------------------------------------------------------------S------K-G-G-RK-----PARLI---VFPDLGVR--VCE-KIALYDPI-K-----------KLAEA-VMGDSY-GF----Q----Y---------------SPTQRV----E-------VL-LKAW------K-SK----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------R---T---PLG-----FSYDTRCFDSTVTEK-----D------------I-R-F-EC---EV-YQ------------------SC------KL-D--P--D--A------------------------RK----AITSL--T---ER--------LYVGGPM---------------FNSR----------GEKC-GYRRC--RASGVLPT-SFGNTLTCYIK----AT-AA------------------------------A-R-A-AG-LE-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------APDLLVCGDDL-VLIC-ES--K-GV-E-E-----DK---LA-LA---------AF------T-EAMT---RXSAPX--------------------------------R-------E-IPRPAY-DL-ELI-----TSCSSNVSVA-----SD--G-A--G-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------K--KTY-Y-LTRD---PTTPLARAA-WETTRR-----SPV----------------------------------NSW---LGNIIAFAPTL-------------------------------WVRTVFMTHFF--S----------------LL---LS--E-E--R--LS-E----------P---C-SF----E-------------------L-Y-----------------G--A---------TY------T----------V-VP--TDLPEII---------QRLHG---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------LSAFSL-HTYTPMEVSRV--A-----ST-LRKLGV----------PP---------IRV----------------------------------------WKQ-RARR
>Rodent_pegivirus|NC_021154.1
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>Chinese_softshell_turtle_hepacivirus|MG599999.1
TDG-LGT-NK-S-------LA-YYTEPT-S-VDR-RIA--KV-TKWRSC-A-------YT-PSYFNFLA--------V----A-KR---KAAA-----Y-R-ARE-L-T-------FDEVKG--GLH----------------SAPSD-LTG--LTSAEVRAG---T---PR-AR---KLVME--A---Y--NGIT--E----P--T---S--RF-RYT-TL-MPKSE-------------------------IF--VRT--P------------------------------------------------------------------------------------------------------E------F-P-A-TK-----PPRMI---IYPPLEMR--VAE-KMVMGDVA-P-----------SVVKA-ILGESY-GF----Q----Y---------------SPADRT----K-------FL-VKHW------T-RR----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------Q---S---PVG-----IACDTICFDSTVTPQ-----D------------V-S-H-ET---AV-YA------------------SA------CR----G--E--H------------------------RR----RVQAL--G---DT--------LYTTSEM---------------RNNR----------GQVI-GVRHC--RASGVFTT-STSNCLTVWIK----VR-AA------------------------------M-A-D-AG-IR-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------DATLLVNGDDV-VMIF-DS--D-GV-V-A-----DR---EK-AA---------KL------E-ACLN---TLGMP---------------------------------Q-------N-ACKPVY-SL-ELL-----TVCSSNVSVA-----TS--HID--G-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------R--TTY-Y-LTRD---PTTPLGRAL-VETTNR-----SPV----------------------------------GSW---MGYILQHYPSL-------------------------------WASRVVMVHWL--D----------------MV---SQ--T-VGYT--GD-T----------T---L-TI----E-------------------W-------------------S--N---------RI------N----------L-QL--KLLPYIL---------TALHG---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------RPAMCL-KNFTPREVSRV--G-----RV-LHDLGY----------QP---------LSY----------------------------------------W-------
>Hepacivirus_C|KY608713.1
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>Hepacivirus_C|KY608708.1
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>Hepatitis_C_virus_genotype_2|NC_009823.1
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>Xiamen_sepia_Stingray_hepacivirus|MG599992.1
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>Hepacivirus_C|MG453518.1
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>Guereza_hepacivirus|NC_031950.1
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>Human_hepegivirus|NC_038436.1
AGI-LRA-DT-S-------RV-YTTTAV-D-VSE-RQA--KV-TIDQTS-A------KVD-RCFRDTYN--------C----C-LA---KAKT-----F-K-QSG-M-S-------YEDAVSKMRAN----------------TTRDH-NNG--ITYSDLVSG---R------AK---SAVQK--I---V--DQMR--A----G------V--YD-APM-RI-IPKPE-------------------------VF--PRD----------------------------------------------------------------------------------------------------------------K-S-T-RK-----PPRFL---CFPGCAAR--VAE-KMILGDPG-------------AITKH-VLGDAY-GF----A----T---------------PPHERA----R-------LL-EQWW------N-RA----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------T---E---PQA-----IAVDAICFDSTITAE-----D------------M-D-R-EA---NI-MA------------------AA------HA-D--P--E---------------------------------GVHGL--Y----N--------YYKRSPM---------------CDIT----------GKVV-GVRCC--RASGTLTT-SSGNTLTCYLK----VR-AA------------------------------C-T-R-AG-IK-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------PIGLLIHGDDT-LIIT-ER--C-AQ-E-T-------------LD---------EF------S-NALD---DYGFP-----------------------------------------H-TFQVSG-DL-SSI-----ECCSARVDSV-----CL--R-G--G-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------M--R-R-M-LVPQ---ARRAIARVL-GEKG-------DPL----------------------------------GVI---SSYIVMYPTAA-------------------------------VTVYVLLPLLC--M-----------------L---IRN-EPS--Q--TG-T----------L---V-TL----T-------------------V-Y-----------------G--N---------SV------S----------V-PV--WLLPTII---------VNLHG---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------RDALQV-VRHSAASMAEL--S-----SA-LAFFGM----------RG---------LNC----------------------------------------W-------
>Hepacivirus_C|JF735136.1
SNS-LLR-HH-N-------MV-YSTTSR-S-AAA-RQK--KV-TFDRMQ-V-------VD-SHYNEVLK--------E----I-KA---RASK-----V-K-AR----V-----XXTEEACDLTPPH----------------SARSK-F-G--YGAKDVRSH---T---RK-AI---NHINS--V---W--XDLL--E----D--T---D--TP-IPT-TI-MAKNE-------------------------VF--SVK--P------------------------------------------------------------------------------------------------------E------K-G-G-RK-----PARLI---VYPDLSVX--VCE-KRALYDVV-K-----------QLPEA-VMGAAY-GF----Q----Y---------------SPLQRV----E-------YL-LDAW------K-SK----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------K---T---PMG-----FSYDTRCFDSTVTEK-----D------------I-R-V-EE---EV-YQ------------------CC------NL-E--P--E--A------------------------RR----VITAL--T---ER--------LYVGGPM---------------FNSR----------GDLC-GHRRC--RASGVFTT-SFGNTLTCYLK----AS-AA------------------------------V-R-A-AG-LK-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GCTMLVCGDDL-VVIA-ES--E-GV-E-E-----DA---RA-LR---------GF------V-EAMT---RYSAPP--------------------------------G-------D-VPQPAY-DL-ELI-----TSCSSNVSVA-----HD--A-T--G-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------K--KVY-Y-LTRD---PETPLARAA-WETVRH-----TPV----------------------------------NSW---LGNIILYAPTI-------------------------------WVRXVLMTHFF--S----------------IL---QS--Q-E--A--LE-R----------A---L-DF----D-------------------M-Y-----------------G--V---------TY------S----------I-TP--LDLPAII---------QRLHG---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------LSAFTL-HGYSPHELNRV--A-----GS-LRKLGV----------PP---------L--------------------------------------------------
>Pegivirus_K|NC_034442.1
GTF-VQA-SS-S-------RV-YCTDPR-D-VGE-RVE--KV-TICQRE-L------VVD-SFFDAVYK--------D----A-LG---LART-----IAP-LDG-W-S-------FEEAVAKLRSG----------------AASGH-NAP--VTVAGLKRG---E------GK---HHVEE--C---R--RQLL--E----G------V--GY-HPF-ML-TAKQE-------------------------VF--YQD----------------------------------------------------------------------------------------------------------------K-K-T-KK-----PPRLI---VFPSLEFR--VVE-KMAFGDPS-------------RVPKA-VLGSAY-GF----Q----Y---------------TPFERV----K-------VL-TDMW------K-SK----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------R---N---PCA-----IVVDAKCFDSSITPG-----D------------V-E-R-ET---EL-YC------------------AA------YR-D--S--A---------------------------------LIRAI--S----R--------HYAHGPM---------------VNNR----------GVWV-GERNC--RASGVLTT-SSSNCLTCYLK----VK-AA------------------------------T-R-K-VK-LK-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------NASLLIHGDDC-IIIC-ER--E-LP-DDI-------------CD---------QL------R-AALL---AYGYD-----------------------------------------C-EPTVHS-SL-DTA-----VTCSAFLAEC-----KV--H-G--G-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------A--RIN-F-LSTD---MRRALARAC-GGYG-------DGA----------------------------------ACA---AGYTIQYPHHP-------------------------------ITRYVLIPLLL--G----------------MI---FAR-G-G--N--PT-D----------E---I-TC----N-------------------V-R-----------------G--N---------SC------H----------F-PL--VKLPQIL---------VGLHG---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------PSCLQV-VSDSTKTLVET--N-----AA-LQALGM----------RG---------LGY----------------------------------------YRK-RVAT
>Recombinant_Hepacivirus_C_SA13_JF372_X_CIQV|MH427312.1
SNT-LLR-HH-N-------LV-YSTSSR-S-AGQ-RQK--KV-TFDRLQ-V-------LD-DHYREVVD--------E----M-KR---LASK-----V-K-ARL-L-P-------LEEACGLTPPH----------------SARSK-Y-G--YGAKEVRSL---D---KK-AL---NHIKG--V---W--QDLL--N----D--S---D--TP-LPT-TI-MAKNE-------------------------VF--AVE--P------------------------------------------------------------------------------------------------------S------K-G-G-KK-----PARLI---VYPDLGVR--VCE-KRALYDIA-Q-----------KLPTA-LMGPSY-GF----Q----Y---------------SPAQRV----E-------FL-LKTW------R-SK----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------K---T---PMA-----FSYDTRCFDSTVTEH-----D------------I-M-T-EE---SI-YQ------------------SC------DL-Q--P--E--A------------------------RA----AIRSL--T---QR--------LYCGGPM---------------YNSK----------GQQC-GYRRC--RASGVFTT-SMGNTMTCYIK----AL-AS------------------------------C-R-A-AK-LR-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------DCTLLVCGDDL-VAIC-ES--Q-GT-H-E-----DE---AS-LR---------AF------T-EAMT---RYSAPP--------------------------------G-------D-PPVPAY-DL-ELV-----TSCSSNVSVA-----LG--P-Q--G-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------R--RRY-Y-LTRD---PTTPLARAA-WETVRH-----SPI----------------------------------NSW---LGNIIQYAPTI-------------------------------WVRMVLMTHFF--S----------------IL---MV--Q-D--T--LD-Q----------N---L-NF----E-------------------M-Y-----------------G--S---------VY------S----------V-NP--LDLPAII---------ERLHG---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------LDAFSM-HTYSHHELTRV--A-----SA-LRKLGV----------PP---------LRV----------------------------------------WKS-RARA
>Hepacivirus_C|KM252787.1
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>Sigmodontinae_hepacivirus|MH370348.1
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>Hepacivirus_C|DQ418785.1
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>Yili_teratoscincus_roborowskii_hepacivirus|MG599987.1
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>Chinese_broad_headed_pond_turtle_hepacivirus|MG600000.1
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>Equine_pegivirus_1|NC_020902.1
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>Theiler_s_disease_associated_virus|NC_038433.1
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>Duck_hepacivirus|MK737641.1
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>Hepacivirus_C|KY608656.1
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>Hepatitis_C_virus_subtype_6v|EU798761.1
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>Hepacivirus_L|NC_031916.1
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>Bovine_hepacivirus_N|MK695669.1
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>Hepatitis_C_virus_genotype_7|NC_030791.1
SNT-MLR-HY-N-------MV-YSTTSR-S-ASQ-RAK--KV-TFDRLQ-V-------LD-DHYKRALA--------D----V-KA---DAST-----V-K-AQL-L-S-------VEEAAALTPAH----------------SARSK-F-G--YGAKEVRSL---A---PK-AM---SHIKE--V---W--KDLL--Q----D--M---T--TP-IPT-TI-MAKNE-------------------------VF--CVN--P------------------------------------------------------------------------------------------------------A------K-G-G-KK-----PARLI---VYPDLGVR--VCE-KRALYDIA-Q-----------KLPKA-IMGQAY-GF----Q----Y---------------SPSQRV---XY--------X-VKTW------K-SK----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------R---T---PMG-----FSYDTRCFDSTVTEQ-----D------------I-R-T-ES---EI-YQ------------------CC------NL-D--P--E--A------------------------RT----IINAL--T---ER--------LYVGGPM---------------FNSK----------GQRV-GYRRC--RASGVFPT-SMGNTMTCYIK----AK-AA------------------------------A-A-A-AG-LE-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------STDFLVCGDDL-VVIC-ES--K-GV-E-R-----DR---AD-LQ---------AF------A-AAMT---RYSAPP--------------------------------G-------D-MPQPAY-DL-EHI-----DSCSSNVSVA-----RD--N-S--G-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------K--RVY-Y-LTRD---PTNPLSRAA-WETARH-----SPV----------------------------------NSW---VGNIIMFAPTI-------------------------------WVRMVLMTHFF--A----------------LL---LN--E-E--R--LN-D----------P---V-SF----E-------------------M-Y-----------------G--A---------TY------T----------V-CP--TDLPDII---------QRLHG---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------LRAFEL-HTYSPAELTRV--A-----AT-LRKLGV----------PP---------LRT----------------------------------------WRQ-RA-R
>Pegivirus_A|NC_001837.1
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>Hepacivirus_C|KM504112.1
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>Gammarus_chevreuxi_flavivirus|MK473877.1
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>Wuhan_aphid_virus_1|NC_028388.1
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>Xiamen_fanray_pesti_like_virus|MG599985.1
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>Wenling_pesti_like_virus_2|MG599983.1
A-----SLTN-Y-------SY-APWRTG-H-TVN-ESI--AG-KLDAPP-Y------TQD-PLTCRGLASTL---RNY----I-KPY-----R-----N-TVTSS-V-A-------AAVA--RTRND----------------AALGW-YPAGKP-WRSSGEAKS-S-S----LS---RDTES--Y---L--RRLD--D----L--Q---P--FQ-LLT-TV-IPKGE-------------------------IR--AQA--PLDPTSP------------------------------------------------------------------------------------------------V------P-P-I-RK-----PPRLI---QFQNLTHR--TAA-NSLISSLQ-Q-----------HG-----FPAEP-DC----S----H---------------RSTANN----L-------RLMREHW------L-KY----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------T---N---PMA-----CSLDVSAFDTTQSPA-----E------------L-L-L-CA---LS-QS------------------DL------FA-S-----D--K---------S--------------AG----RWLTS--R---LL---------EIHSLL---------------HLPN----------GGVV-AKSGM--RDSGSVDT-SITNTMLSVCQ----AYNCF--------------------------------D-A-HS-VPRT-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------EYSVFACGDDV-VVIG-EA--G-SI-E-S-----TL---LA-FP---------GY------YASKLGR-KLKL----------------------------------------------SERTT-EF-TRL-----SFCSHSPALA-----YT--I-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ADDR--EIV-L-PTRP---LCETLSRIS-HSLSSN-----V----------------------------S--KKDVTARL---ASCILTVPGSP-------------------------------LATSIC-ATIL--K----------------EMGALDK--AHQ--F--NY-L----------P---W-LS----S-------------------Q-D-----------------LPSD-----------------L----------I-QL--ATVSAAY---------KKLYG---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CL-PGE-LYIAPSCTGAE--DLKLLRHY-DP--GV----------SY---------RQL----------------------------------------YRR-LAQR
>Nanhai_dogfish_shark_pesti_like_virus|MG599984.1
THF-PVALTDVC-------DY-AYYQSM-H-VM--DSV--HK-PV--------------D-RNTLRGLYATG---LDL----L-KKE-----T-----G-K-HKS-I-K-------FEDL--QVNLK----------------SSLGY-FAENPPPYKNLKEATT-D-Y-KAIFE---KRVND--I---V--TACR--G----G--T---G--YM-VVQ-TV-MAKKE-------------------------RK--AN---DLENI--------------------------------------------------------------------------------------------------A------P-N-A-LG-----KARLI---QYGNCDWR--AAG-ALIAGTAL-R-----------PG-----IRYRG-DA----S----H---------------SFVGHV----F-------GKAYEAW------K-LK----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------R---K---PVA-----VCLDVSKWDTRLTIG-----E------------L-E-V-LA---EL-EA------------------T----------T-----M--Q---------D--------------GN----AWRTY--R---AC---------EMRAFL---------------LFRD----------GQIG-YREGG--RGSGEMDT-SLGNTLWNSII----VHYNM--------------------------------R-L-AG-ISTS-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------DFDVYCCGDDA-FVIT-ES--E-LV-D-R-----YL---EV-QA---------KL------Y-AELGK-PLKV-----------------------------------------------EVVD-RF-EDI-----SYCSCSPSPV-----L-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------HDGH--LMF-L-PTRP---LPTILGKLC-LF-D-------K----------------------------D--EKHVGSKL---FSYAINYCGNS-------------------------------LAFELL-KTAL--Q----------------SF---EP--GQK--Y--NY-P----------V---W-VH----K-------------------E-F------------XLLXKXXT-------------------------------------LNQAI---------FRLYN---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------VD-ITK-VRWLTTSAKLR--DVRWLGEH-SK--I---------------------------------------------------------------------TTVR
>Wenzhou_pesti_like_virus_1|MG599982.1
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>Bovine_viral_diarrhea_virus_1|U86600.1
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>Phocoena_pestivirus|MK910228.1
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>Bat_pestivirus_BtSk_PestV_1_GX2017|MH282908.1
IGI-NLS-KL-P-------VV-RANTSS-K-KFR-EAI--LE-KMDKPE-N------AQV-EGLHEKMWQA----FLV----T-AKV---EWK-----N-K-LEE-V-D-------YQTLEEGINRK----------------GAAGF-LEK----EKNIGEVLE-D-------T---TKIDE--V---I--RKVN--N-------R---E--LF-YYE-TA-IPKNE-------------------------KR--GVL--DDWMTGDY--------------------------------------------------------------------------------------------------------V-T-YK-----KPRVI---QYPEAKTR--LAI-TKILYRWV-K-----------QK----PVLIPG-YE----G----K---------------TPMFEL----Y-------ENIYEDW------K-TF----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------K---D---PVA-----VCFDTKAWDTQVTSK-----D------------L-D-L-VG---KI-QK------------------YY------YK-K-----K--Y------------------------WK----FIDNL--T---SY---------MKNVLV---------------ITVE----------GDCF-IRRGQ--RGSGQPDT-SAGNSILNVLT----MLVAF------------------------------S-E-A-TN-LPLRAAWS-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AVKFHVCGDDG-FLIT-ER--T-LG-E-K-----FS---SE-GI---------AI------L-SSFGK-PQKIVE---------------------------------G-------G-NLKLAL-NY-TDI-----EFCSHQPIKV-----NT--P----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------N--VSW-M-PGRD---TSTILGKMT-TRLGEG-----PTR-------------------------SG--EEYEKQVA---FAYLLMYPWNP-------------------------------LVRRVA-LLVL--S----------------TT---EN--H-YNTL--QL-V----------S---D-EG-----------------------------------------------------------------I----------S-YQ--GDPIAAY---------RSVWG---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------HS-LDE-VKHVDTA------ALSKFNYS-MTYLGI----------WK---------EKT----------------------------------------TKR-LLRE
>Rodent_pestivirus|KY370100.1
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>Rodent_pestivirus|KY370103.1
IGV-NIS-KL-P-------TV-RAQCST-S-DTH-DSI--RA-KIDKEP-N------EQH-PDLHDDLFKI----FLY----S-VDK---KYQ-----N-S-FEE-V-S-------WETLEPGLNKK----------------GAPGF-LED----VSKLGDYLT-P----G-GK---KQIEK--L---V--STML--K----G--K---I--PQ-YYE-TA-IPKNE-------------------------KR--DVT--EDLLELGE--------------------------------------------------------------------------------------------------------W-P-EK-----KPRII---QYPEAKMR--IAI-TKVMYNWV-K-----------QQ----PLVIPG-YE----G----K---------------TPIFNI----F-------NKVKKEW------D-QY----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------Q---K---PTI-----ISFDTKAWDTQVTPK-----D------------L-D-L-VA---KI-QK------------------WF------YK-K-----K--Y------------------------HK----FIDSL--T---EE---------MKEVAV---------------ITED----------GQVY-IRKGQ--RGSGQPDT-SAGNSILNVLT----MAWAF------------------------------C-K-A-NG-VDYKAFPK-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------LAKIHVCGDDG-FLIT-EE--R-LA-K-N-----FS---EE-GP---------RL------L-QEAGK-PQKLLA---------------------------------G-------T-SMKASN-EF-SDL-----EFCSHTPVKV-----RL--S-N--G-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------A--TTY-M-AGRD---TAIILSKMA-TKLDES-----GIR-------------------------AT--EQYENQVA---FCFLLMYPWNP-------------------------------LIRRIC-LYII--S----------------TT---AC--T-D--P--NP-S----------A---S-IL-----------------------------------------------------------------L----------Q-YR--GDPIGAF---------KDVYG---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------FD-LRT-IERTEMS------KLSQLNLN-LTILSI----------WH---------KKT----------------------------------------SQR-MLEK
>Border_disease_virus|GQ902940.1
VGI-KLE-KL-P-------VV-RAQTDT-S-NFH-QAI--RD-KIDKKE-N------MQS-PDLHTELGKI----FNV----L-KAP---ELA-----A-S-YDA-V-S-------WEELEIGINRK----------------GAAGF-FEK-----KNIGEVLS-S------EK---SEVEN--I---I--KNLK--A----G--R---P--IR-YYE-TA-IPKNE-------------------------KR--DVN--DDWESGDF--------------------------------------------------------------------------------------------------------V-D-EK-----KPRVI---QYPEAKVR--LAI-TKVMYKWV-K-----------QK----PVVIPG-YE----G----K---------------TPLFEI----F-------DKVKKEW------N-QF----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------Q---D---PVA-----VSFDTKAWDTQVTSK-----D------------L-E-L-IK---EI-QK------------------YY------FK-R-----E--W------------------------HR----FIDTL--T---EH---------MVEVPV---------------ITAD----------GEVY-IRRGQ--RGSGQPDT-SAGNSMLNVLT----MIYAF------------------------------C-Q-A-TG-VPYKSFRK-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------VARIHVCGDDG-FLIT-EK--S-LG-E-K-----FS---NK-GV---------QI------L-HEAGK-PQKITE---------------------------------G-------D-KMKVAY-RF-EDI-----EFCSHTPVPV-----RW--S-D--N-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------T--TSY-M-AGRN---TATILAKMA-TRLDSS-----GER-------------------------GT--TAYEKAVA---FSFLLMYSWNP-------------------------------LVRRIC-LLTL--S----------------SE---PC--N-N--P-----S----------R---L-GT-----------------------------------------------------------------Y----------Y-YE--GDPIAAY---------REVIG---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------HN-LQD-LKRTGFE------KLALLNLS-MSTLGI----------WT---------KHT----------------------------------------SKR-LLQD
>Pronghorn_antelope_pestivirus|NC_024018.2
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>Dongyang_pangolin_virus|MK636875.1
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>Culex_tritaeniorhynchus_flavi_like_virus|LC514290.1
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>Shayang_fly_virus_4|NC_028375.1
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>Xingshan_cricket_virus|NC_028370.1
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>Shuangao_lacewing_virus_2|NC_028373.1
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>Barley_aphid_RNA_virus_10|LC516846.1
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>Sitobion_miscanthi_flavi_like_virus_1|MH778148.1
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>Gamboa_mosquito_virus|NC_028374.1
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>Wuhan_centipede_virus|NC_030227.1
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>Hermitage_virus|KU754512.1
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>Diaphorina_citri_flavi_like_virus|NC_030453.1
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>Xinzhou_spider_virus_2|NC_028372.1
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>Tacheng_tick_virus_8|NC_028367.1
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>Apis_flavivirus|NC_035071.1
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>Soybean_cyst_nematode_virus_5|NC_024077.1
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>Dengue_virus_1|NC_001477.1
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>Nanay_virus|NC_040610.1
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>Nhumirim_virus|NC_024017.1
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>Barkedji_like_virus|LC497469.1
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>Donggang_virus|NC_016997.1
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>Ilomantsi_virus|NC_024805.1
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>Guapiacu_virus|MK908103.1
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>Binjari_virus|MG587038.1
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>Paraiso_Escondido_virus|NC_027999.1
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>Uganda_S_virus|NC_033698.1
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>Palm_Creek_virus|NC_033694.1
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>Nienokoue_virus|NC_024299.2
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>Anopheles_flavivirus_variant_1|NC_031327.1
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>Mercadeo_virus|NC_027819.1
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>Sabethes_flavivirus|MH899446.1
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>Xishuangbanna_aedes_flavivirus|NC_034017.1
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>Falli_virus|MN567479.1
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>Kamiti_River_virus|NC_005064.1
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>Cell_fusing_agent_virus|NC_001564.2
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>Aedes_flavivirus|NC_012932.1
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>Parramatta_River_virus|NC_027817.1
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>Mole_Culex_virus|LC505052.1
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>Yanggou_tick_virus|MH688529.1
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>Macrosiphum_euphorbiae_virus_1|NC_028137.1
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>Barley_aphid_RNA_virus_9|LC516844.1
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>Bovine_viral_diarrhea_virus_1|NC_001461.1
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>Bovine_viral_diarrhea_virus_2|NC_039237.1
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>Pestivirus_giraffe_1_H138|NC_003678.1
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>Bovine_viral_diarrhea_virus_3_Th_04_KhonKaen|NC_012812.1
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>Border_disease_virus|GU270877.1
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>Border_disease_virus|NC_003679.1
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>Pestivirus_sp|MK618726.1
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>Classical_swine_fever_virus|NC_002657.1
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>Aydin_like_pestivirus|NC_018713.1
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>Rodent_pestivirus|KY370102.1
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>Atypical_porcine_pestivirus_1|NC_030653.1
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>Hepacivirus_C|EF632069.1
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>Hepacivirus_C|KY608714.1
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>Hepacivirus_C|KX107894.1
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>Hepatitis_C_virus__isolate_VN235|D84263.2
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>Hepacivirus_C|MK328014.1
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>Hepacivirus_C|MK328002.1
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>Hepacivirus_C|EU643834.1
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>Hepacivirus_C|MK328001.1
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>Hepatitis_C_virus_subtype_6j|DQ835769.1
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>Hepatitis_C_virus_genotype_6|KC844039.1
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>Hepatitis_C_virus_subtype_3i|JX227956.1
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>Hepacivirus_C|MH940291.1
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>Hepatitis_C_virus_genotype_7|KU861171.1
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>Hepacivirus_K|NC_038430.1
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>Rodent_hepacvirus|KY370094.1
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>Rodent_hepacivirus|NC_021153.1
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>Rodent_hepacvirus|KY370095.1
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>Hepacivirus_N|NC_038432.1
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>Rodent_hepacvirus|KY370092.1
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>Rodent_hepacvirus|KY370093.1
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>Simian_pegivirus|KF234530.1
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